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プラーク（歯垢）は食べカスではなく、細菌の塊です。プラーク1mg中の細菌数はなんと約10億！！このプラークの中にムシ歯や歯周病の原因となる細菌がひしめいているのです。
プラークは歯のどの部分につくかによって 「歯肉縁上プラーク」 と 「歯肉縁下プラーク」 に分けられ、それぞれに棲みつく細菌の種類も違っています。
プラークとは歯垢のことで歯の表面にできる細菌やその代謝産物からなる粘性構造物のことです。プラークコントロールが上手くできていないと、歯肉炎になってしまいます。プラークの組成は約80％が水分、約20％が有機質で、有機質成分のうち70％を細菌体が占めています。1㎎あたりのプラーク中には約1億個の細菌が生息していて、200～500種類の細菌種がいると言われています。このうち10種類前後の細菌が歯周病の原因となる菌として歯周組織に害を与えています。プラークの基質成分としては、多糖性ポリマーの他、唾液や歯肉溝滲出液由来の糖タンパクや細菌由来の無機成分も含まれています。健康な歯周組織か歯肉炎を持つ人のプラークの中には、酸素の下で発育する好気性菌が優位に発育しますが、病状が進んだ歯周炎を持つ人から採取したプラーク中には、酸素の少ない所で発育する嫌気性菌の割合が増加し、特にグラム陰性嫌気性菌が多く見られます。歯周病原菌とよばれる細菌のほとんどは、このグラム陰性嫌気性菌です。

歯の表面には獲得皮膜(ペリクル)と呼ばれる唾液由来の糖タンパク質の膜が生理的に形成されます。このペリクルに細菌が付着することによってプラーク形成の足場ができあがります。ペリクルを介して歯面に付着した種々の細菌は集合して共凝集をおこすと、細菌自らの代謝産物である多糖性ポリマーと混じり合ってバイオフィルムとよばれる一塊の大集団を形成します。バイオフィルムは城壁に囲まれた強固な砦のようなものであり、バイオフィルムが形成された状態では、細菌はプラーク内部で自らを守る環境を整えながら増殖を繰り返し成長します。成長したバイオフィルムの中の細菌群は、好中球やマクロファージなどの攻撃に対して抵抗性を示し、また殺菌含嗽剤や抗生物質などの外部からの作用に対しても抵抗性を示すようになります。このようにバイオフィルムを形成したプラークは、外部からの攻撃を回避しつつ成長し、歯周疾患発症の温床になります。プラークから離れた歯周病原菌は歯肉の内縁上皮を通過して歯肉結合組織内に侵入し、組織為害作用を発揮します。グラム陰性菌の細胞壁成分であるリポ多糖(ＬＰＳ)は内毒素とよばれ、赤血球を溶解したり、骨吸収を誘導したりします。またグラム陰性菌はコラゲナーゼなどのタンパク分解酵素を産生して組織を破壊する作用を有しています。

歯肉辺縁より歯冠側の歯面に付着したプラークを歯肉縁上プラークとよび、歯肉辺縁より根尖側に付着したプラークを歯肉縁下プラークと呼びます。歯肉縁上プラークが成長し、歯肉縁下プラークへと連なった形で歯頚部に付着すると歯肉炎が生じ、歯肉の発赤や腫脹が起こります。一般に歯肉縁上プラークは好気性菌が優位に発育しています。歯肉炎が慢性化すると、歯肉縁下プラークが歯肉溝底面までおよび、上皮性付着が破壊され歯周ポケットが形成されます。さらに、根面に付着した歯肉縁下プラークが歯周ポケット内で一気に増殖し、深部にまで炎症が広がっていきます。歯周ポケットの深い部分では、嫌気性菌の割合が増加するようになります。歯周ポケットの内部では、プラークは歯面に付着する付着性プラークとポケット内に浮遊する非付着性プラークとの2種類の様式で存在する。ポケット内では、歯肉溝滲出液に含まれる栄養分を得てプラークはさらに成長し、非付着性プラーク中の細菌は、歯肉組織に侵入し歯周組織を破壊する予備軍となります。